小智等人最终逃到了一处山洞中，从而遇到了同样逃离的火箭队，追击火箭队的正是雷吉洛克与最后的一只永恒神奇宝贝雷吉斯奇鲁！
这下小智等人被三神柱包围了！
“小鬼头，拜托你了！”武藏与小次郎请求道。
“既然如此，那就战吧！”小智充满战意的看着三神柱，“拜托你们了，玛夏多、路卡利欧！”
“玛夏！”“路卡！”
三神柱它们有着同共的弱点，那就是被格斗属性克制。
“波导弹！”
两颗波导弹同时发动，而三神柱同时凝聚破坏死光！
轰！！！但还是波导弹更胜一筹，将破坏死光击馈，命中了最中央的雷吉斯奇鲁。
但水晶顿时发出光芒，雷吉斯奇鲁很快就重新站了起来！
“这是世界初始之树的力量！”琪朵震惊道，“这就证明世界初始之树真的是活的！”
“如果是这样的话，玛夏多、路卡利欧使用发劲！”
路卡利欧顿时与岩神柱雷吉洛克缠斗在一起。
而玛夏多那边却遁入影中穿梭轻松击败了雷吉斯奇鲁与雷吉艾斯，接着与路卡利欧一起击败了雷吉洛克。
“玛夏多，展开神职气场！将梦幻引下来！”小智指挥道。
“玛夏！”玛夏多神职气场展开，与世界初始之树共存的梦幻自然感受到了，梦幻当即带着皮卡丘与伊布还有喵喵瞬间移动到小智身边。
“皮卡～皮～”“布伊～”皮卡丘与伊布跳进了小智怀中。
“小次郎，武藏！”“喵喵！”火箭队三人组兴奋的抱在了一起。
“妙～”梦幻见状全身散发出绿光，在与世界初始之树沟通后，三神柱也退去了。
然后兴奋的围着玛夏多转圈圈，和自己同一级别的幻兽它都好久没见了！
“玛夏！”可惜，玛夏多却不想搭理梦幻，直接遁入小智的影子中了。
而琪朵感叹道，“这棵世界初始之树跟梦幻之间好像有彼此分享力量、相互共存的关系！”
“谢谢你，梦幻！”小智道谢一声。
“妙～”梦幻围着小智，高兴的蹭了蹭小智。
“梦幻，你知道千年前的波导勇者亚朗吗？”小智等人来此的第一个目标已经完成了，接下来就是调查清楚亚朗的真相了！
“妙～”梦幻思索片刻向着一个方向飞去，小智等人见状连忙跟上。
没想到的是梦幻竟然带着它们深入世界初始之树内部，来到一个明亮的空间！
在空间的正中央，有着一块巨大水晶，从中散发着绿色光芒。
“这里应该就是世界初始之树的心脏地带了！”小智感叹道。
“这...这是！”路卡利欧余光看到一旁有一双熟悉的手套，而在那也有着一块水晶，可以隐隐约约可以看到一个人的残影！
路卡利欧见状心底有些猜测，蹿过去查看，此刻它多么希望它的猜测是错的！
但是当它来到此处，波导之力注入其中，身影渐渐清晰了起来，顿时让它认清了现实，痛喊道，“亚朗大人！”
“原来如此，亚朗把路卡利欧封印起来之后，一个人来到了这里！如果我没有猜错的话，亚朗恐怕借助了世界初始之树的力量，才平息的战争！”
说完，小智看到中央水晶不远处的时间之花，毫不犹豫的将波导之力注入其中，真相即将揭露！
未完待续......
眼前的景物开始变化，却见亚朗孤身一人来到此处，呼喊道，“梦幻，请现身！”
只见上方的洞口飞来了一只凤王，而凤王白光一闪，变回了梦幻的模样！